Lista de Museos (Elaborado por Wikipedia)

Casa Museo "Simón Bolívar" (historia)
Casa Museo José Carlos Mariátegui
Casa Museo "Julia Codesido" (historia natural y ciencias)
Casa Museo "Miguel Grau" (historia)
Casa Museo "Ricardo Palma" (cultural Perú-Italia)
Museo Aeronáutico del Perú
Museo Amano (Arqueología e historia)
Museo Andrés Avelino Cáceres (historia)
Museo "Antonio Raimondi" (historia natural y ciencias)
Museo de Arqueología y Antropología de la Universidad de San Marcos (UNMSM)
Museo Arqueológico Rafael Larco Herrera
Museo Arqueológico del Colegio Juan XXIII
Museo Arqueológico "Josefina Ramos de Cox"
Museo Comunitario Inti Raymi (arte)
Museo de Arte de Lima (arte)
Museo de Arte Colonial Pedro de Osma (arte)
Museo de Arte Italiano (arte)
Museo de Arte Popular
Museo de Arte Precolombino
Museo de Arte Religioso de la Catedral
Museo de Arte de la Universidad de San Marcos (UNMSM)
Museo de Bomberos Voluntarios del Perú
Museo de Criminalística de la Policía Nacional del Perú.
Museo del Automóvil
Museo del Banco Central de Reserva del Perú (arqueología e historia)
Museo "De los Combatientes del Morro de Arica"
Museo del Convento de los Descalzos (arqueología e historia)
Museo del Convento de San Francisco (arqueología e historia)
Museo de la Nación (arqueología e historia)
Museo Geológico de la Universidad Nacional de Ingeniería (historia natural y ciencias)
Museo Nacional de Informática.
Museo Nacional de la Cultura Peruana
Museo de Historia Natural "Javier Prado" (Universidad de San Marcos)
Museo de Historia Natural de la Universidad Particular Ricardo Palma
Museo de Ingeniería de Minas "George Petersen" de la Universidad Católica (PUCP)
Museo de Investigaciones de Zonas Áridas de la Universidad Nacional Agraria (UNA)
Museo de la Biblia
Museo de la Electricidad
Museo de la Inmigración Japonesa (historia)
Museo de Sitio Huaca Huallamarca (arqueología e historia)
Museo de Sitio Huaca Pucllana (arqueología é historia)
Museo de Sitio Puruchuco
Museo "De Sitio" del Mirador del Cerro San Cristóbal (historia)
Museo de Sitio del Parque Reducto N° 2 (arqueología e historia)
Museo del Hospital Santo Toribio de Mogrovejo
Museo del Petróleo
Museo del Teatro
Museo "Marina Núñez del Prado" - Biblioteca Falcón.
Museo Memoria "Coronel Leoncio Prado" (historia)
Museo Multidisciplinario del Colegio La Salle (historia natural y ciencias)
Museo Naval del Perú
Museo Numismático del Banco Wiese
Museo Postal y Filatélico (Dirección General de Correos)
Museo Taurino de la Plaza de Acho(historia)
Museo Universitario de la Universidad Nacional Federico Villarreal (arqueología e historia)
Museo del Virreinato (arqueología e historia)
Museo Oro del Perú y Armas del Mundo
Museo de la Inquisición y del Congreso (historia)
Museo de Arqueología, Antropología e Historia del Perú
Museo Del Real Felipe (historia)
Museo "Leoncio Prado" (historia)
Instituto Raul Porras Barrenechea
Instituto de Estudios Históricos Aeroespaciales del Perú
Asociación Cultural "Enrico Poli" Arte Prehispánico

Visite estos links
http://es.wikipedia.org/wiki/Museos_de_Lima

Lima y Callao
http://www.geocities.com/ettours/limamuseos.html